Para Assassin modern (Desmond, Lucy, Shaun, Rebecca)
kemudian sampai pada suatu tempat yang familiar yaitu Villa the Auditore yang
sekarang tidak terawat untuk menjadikannya tempat persembunyian mereka. Mereka
kemudian masuk kedalam ruangan rahasia tempat dimana patung – patung Assassin
ternama dimasa lampau berada dan tempat dimana Ezio mendapatkan Altair Armor.
Mereka kemudian mencari tau dimana Ezio menyembunyikan Piece of Eden atau Apple
of Eden berada sehingga mereka sekali lagi memutar ulang memori Ezio melalui
Animus.
Singkat cerita, Ezio merencanakan untuk membalas dendam
kepada para Templar yang telah menghancurkan Villa Auditore, merebut Apple of
Eden, menculik Caterina Sforza dan membunuh Mario Auditore. Ezio kembali ke
Roma untuk balas dendam dan menyatukan ketiga guild yaitu Mercenaries Guild
yang dipimpin Bartolomeo d’Alviano, Thieves Guild yang dipimpin La Volpe dan
Courtesan Guild yang dipimpin oleh Claudia Auditore dan dibantu oleh penasehat
terpercayanya yaitu Niccolò Machiavelli (mereka semua merupakan anggota
Assassin Order) untuk menjatuhkan para Templar yang dipimpin oleh Cesare Borgia
yang berniat untuk menguasai Italy. Ezio pun membangun kembali Guild Assassin
dengan beranggotakan 12 Assassins baru. Ezio pun menjadi pemimpin Assassin
Order dan diberi julukan II Mentore atau The Mentor.
Pada saat didalam Animus, Desmond menemukan Glyph yang
dibuat oleh Subject 16 dan mengumpulkannya menjadi satu sehingga muncul sebuah
tempat khusus didalam animus yang mampu membuat Desmond bertemu dengan tubuh
virtual dari Subject 16. Dia mengatakan it is too late to save them (Sudah
terlambat untuk menyelamatkan mereka) dan she is not who you think she is (Dia
tidak seperti yang kamu kira). Dia memberitahukan Desmond untuk menemukan Eve
di dalam Eden dan memberitahukan bahwa DNA nya merupakan kunci. Dan kata
terakhirnya The sun. Your son (Matahari, Anakmu) dan menghilang. Tetapi Subject
16 memberitahukan Desmond bahwa dia akan selalu menemani Desmond sampai akhir.
Kembali ke dalam Animus, Ezio akhirnya mendapatkan Apple of
Eden setelah dibantu oleh Lucrezia Borgia yang merasa telah dikhianati cintanya
oleh Cesare Borgia saudaranya sendiri. Rodrigo Borgia pun meninggal setelah
dibunuh oleh Cesare Borgia anaknya sendiri demi mendapatkan Apple of Eden.
Akibat tindakan Ezio menghancurkan menara para Templar dan mengubahnya menjadi
menara Assassin dan berbagai tindakannya untuk memperlemah kekuatan templar,
Ezio terus mencari Cesare untuk mengakhiri tindakannya itu berkat bantuan
kekuatan Apple of Eden dan Guild yang selalu membantunya Ezio dapat dengan
mudah mengalahkan pasukan Templar Cesare. Akhirnya Cesare Borgia kewalahan dan
satu persatu pengikutnya meninggalkannya. Kemudian dia ditangkap atas
pembunuhan dan melakukan incest.
Ezio kemudian bertemu dengan Leonardo Da Vinci seorang
sahabat yang banyak membantu Ezio dan menceritakan tentang Apple of Eden ini.
Ezio meminta Leonardo membantu menyembunyikan Apple ini ditempat dimana manusia
tidak bisa menjangkaunya, tetapi Leonardo tidak dapat membantunya. Ezio yang
menyadari bahaya dari Apple of Eden ini berusaha mencari tempat untuk
menyembunyikannya.
Curiga tentang keberadaan Cesare, Ezio kemudian menggunakan
Apple of Eden untuk mengetahui kebenarannya. Dia kemudian mengetahui bahwa
Cesare akan melarikan diri dan memberontak disebuah pulau kecil bernama
Navarre. Ezio pun tiba ditempat tersebut dan mengetahui bahwa sedang terjadi
peperangan yang dipimpin oleh Cesare. Ezio pun bertemu dengan cesare dan
melalukan pertempuran, tetapi Cesare kabur kedalam kastil. Setelah melewati
medan pertempuran akhirnya Ezio pun bertemu kembali dan melawan Cesare diatas
tembok pertahanan kastil yang dibantu oleh pasukan Templarnya. Cesare berhasil
menghindari serangan Hidden Blade Ezio tetapi akhirnya Ezio pun menjadi
pemenangnya. Cesare berkata bahwa dia tidak akan mati ditangan manusia biasa,
kemudian Ezio melemparnya dari ketinggian tembok pertahanan kastil dan kemudian
meninggal.
Ezio melanjutkan untuk menyembunyikan Apple of Eden ini, dia
menyembunyikannya dibawah Santa Maria Aracoeli di Kuil Juno dan jalan menuju
ketempat itu dapat ditemukan melalui Coloseum yang terdapat di Roma. Untuk
mengunci Kuil Juno, Ezio memasang password dan menyimpan clue password tersebut
didalam Assassin Tomb tempat persembunyian Desmond dkk. Shaun menerjemahkan
kata – kata tersebut dan diketahui bahwa password tersebut yaitu 72.
Mereka pun menuju Coloseum untuk menemukan Kuil Juno, dalam
perjalanannya Desmond bertemu dengan sesosok makhluk dalam bentuk hologram yang
bernama Juno yang merupakan ras yang sama dengan Dewi Minerva pada Assassin
Creed II, namun sosok ini tidak dapat dilihat oleh Lucy, Shaun dan Rebecca
walaupun mereka anggota Assassin Order. Dia mengatakan bahwa manusia sangat
kurang tentang pengetahuan, manusia hanya diberikan 5 indra dan pengetahuan
mereka terbatas dibandingkan para Dewa. Juno berkata ketika bencana pertama
muncul pengetahuan itu hanya diberikan kepada keturunan mereka saja,
pengetahuan tersebut merupakan Eagle Vision yang Desmond peroleh dari
leluhurnya Altair, ini menandakan bahwa Altair dan semua keturunannya merupakan
keturunan para Dewa dan menjadi setengah Dewa karena bercampur dengan ras
manusia.
Ketika tangga menuju Apple of Eden terbuka, muncullah simbol
– simbol aneh pada dinding kuil tersebut, Shaun mencoba mengartikannya tetapi
Desmond tiba – tiba menyentuh Apple tersebut. Dikarenakan DNA Desmond Apple
tersebut menjadi aktif dan membuat mereka semua menjadi tidak bergerak seolah
waktu berhenti, menyisakan Desmond yang hanya dapat berbicara. Juno berkata
bahwa Desmond merupakan keturunan mereka para Dewa. Altair, Ezio dan Desmond
merupakan keturunan para Dewa yang special dikarenakan Apple of Eden hanya
bereaksi ketiga dipegang oleh mereka saja. Juno mengatakan bahwa ada seorang
wanita yang akan mendampinginya untuk memasuki The Gate, tetapi wanita tersebut
tidak bersamanya. Juno berkata The cross darkens the horizon yang artinya
adalah Templar dan kemudian mengontrol tubuh Desmond kemudian mengeluarkan
Hidden Bladenya dan berjalan menuju Lucy dan berkata The Path must be opened
dan The scales must be balanced . Desmond memohon untuk menghentikannya dan
Juno menjawab You know so very little. We must guide you! kemudian Desmond
menusuk Lucy diperutnya kemudian mereka berdua jatuh pingsan/meninggal.
Kemudian Juno berkata It’s Done, ditengah Credit terdengar percakapan Desmond
dan Shaun dan kemudian Desmond kembali kedalam Animus, dan Assassin Creed
Brotherhood berakhir sampai disini.
Lihat Assassin's Creed Revelation